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在这套框架之外，还有三个特殊的部门，一个是研究部门，研究部门的科研人员们是没有军职的，但会挂文职衔，也会分出三六九等出来，比如研究部长、项目负责人、小组组长等等，根据等级，有且只有一个等级越高越大的权力，那就是决定研究项目，而且，所有的研究项目在确立之前必须交给杨辉过目，在杨辉同意之后，才能够确立项目并开展工作。
当然，杨辉目前也只是暂代的，其实研究部门的总负责人杨辉早就有了更好的人选，伊奥利亚·休亨贝格，他才是最好的人选，毕竟是靠一人之力就将整个世界的科技水平提高了200年的超级怪物。
第二个特殊的部门……杨辉将其称为歌姬部门，现在的成员有且仅有拉克丝一人。
但这个部门，杨辉在深思熟虑之后，觉得非常有必要存在，因为超时空要塞的世界，歌姬的存在就是BUG！
战场上唱歌，可能会有人觉得扯淡，但超时空要塞的歌姬们的歌声确实拥有特殊的力量的话，鼓舞士气就不提了，通过FOLD波强化队友削弱敌人的超级辅助，无论是游戏还是现实，都是铁打不动的。
不出意外，超时空要塞是杨辉必须去的世界，歌姬是一方面，还有Marcoss战舰，这才是杨辉构想中的普罗米斯军团舰队的核心，是绝对不能放弃的。
最后呢，也就是管理普罗米斯要塞日常运作的部门了，这个部门说不重要也不重要，说重要也重要，现在普罗米斯要塞的工作人员少，而且都是非常熟悉的人，不需要管理，只要告诉他们该做什么就会努力去做，但以后呢？随着要塞的规模越来越大，人员越来越多，自然也是需要管理的，包括交易区，现在已经连接5个世界了，陆陆续续有商店开起来了，方便跨世界的交易活动，管理、协调、治安……这个倒不用……等等，都需要专人去做的。
交代完一切后，杨辉就回到了研究所，能安排下去的事情都安排下去了，杨辉也相信大家能够将这些事情都做好，而他自己最着急的事情，就是和研究人员一起，将目前遇到的技术难题解决，然后将所有人的新机体搞定。
