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该机构始于战国，秦汉以后相沿，《后汉书》中就有“尚方令一人，六百石”的记载。可见所谓尚方剑、尚方宝剑，就是从皇宫里铸造出来的上等宝剑。这种剑平时藏在尚方，用料精选，做工讲究，绘有龙凤图案，锋利无比，一剑出鞘，可以立毙骡马性命，故汉代称“尚方斩马剑”。
据《汉书·朱云传》记载，朱云曾上书皇帝：“臣愿赐尚方斩马剑，断佞臣一人以厉其余。”这段史料说的是汉成帝的老师、丞相、安昌侯张禹贪赃枉法，广占良田、欺压百姓，朱云请求皇帝赐下尚方斩马剑斩杀张禹，以收杀一儆百的功效。
不过这事没成，成帝认为他是以下犯上，一怒之下吩咐侍卫把朱云拖出去斩首。朱云死抱皇宫栏杆不放，侍卫用力过猛，居然把他和栏杆一起扯断。幸亏当时旁边有正直官员为朱云说好话，这才免去杀身之祸。而“朱云折栏”便成为忠臣敢谏的成语典故。
由此可见，尚方剑在两汉时是不会被轻易赐用的。《后汉书·蔡伦传》也记载，帝令中常侍蔡伦(就是改进造纸术那位)升官尚方令，监制尚方剑。而蔡伦后来还说过“御用之器，臣庶不得私用”等话。
至于说尚方剑所代表的权力，直至唐代，被皇帝授予尚方剑的官员大都还没有不请示皇帝便能自主决断杀人之权。
到了北宋，赵匡胤黄袍加身，夺取后周政权后，开始施行尚方剑特权，赋予少数高级将领“如朕亲临，违法专杀”的权力。据宋《武经备要》记载：“本朝之制，大将每出讨，皆给御剑自随，有犯令者，听其专杀。”
不止是宋，辽、金二朝也都有过运用赐剑专杀权的事例，不过多在军政领域，主要是为了解决武将外出征战过程中，距离京师朝廷远，每事奏请，恐失战机的实际问题，这也是“将在外，君命有所不受”的由来。
但宋、元之前皇帝对尚方宝剑秉持慎用、军用的准则，武将的专杀权力也受到一定的限制。如《宋史·陈执中传》中就讲，赵匡胤赐大将曹彬尚方剑时吩咐：“副将以下，不听命者可斩”。
后世拍电视剧，最先出名的大概就是青天大老爷包拯，但其实宋代在司法领域并不使用“尚方剑”，或者说专诛特权。
