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在未经充分开发的状况下，热带岛屿的不同部分往往为不同势力所控制，而每个岛屿又不断重复这一模式，使得岛内和岛间都更加破碎化，联盟也是颇为松散的。
早期各个岛屿上不同的政体都与外界保持着交流，唐宋时期就与中国有密切的贸易往来，曾被纳入中央王朝的朝贡体系，后世菲律宾出土的遗物中广泛存在的中国文化符号得到印证。
与中原文化的影响相比，另一种亚洲文明对菲律宾地区的冲击明显更直接和深入——最晚到14世纪末，绿教从苏门答腊岛传播到菲律宾南部的苏禄群岛，阿拉伯传教士们的不断进入给苏禄群岛带来极大影响。
不同于当地的岛屿部落文明，绿教教众拥有更坚定的群体认同感和更有效率的组织形式。在此背景下，一个囊括苏禄群岛、加里曼丹岛东部、巴拉望岛及西南一众岛屿的环苏禄海绿教苏丹国被建立起来。
后世菲律宾人口的83%都信仰天主教，另有占比9%的人受美国影响信奉基督新教。而南部地区，在数百年的殖民之后，依然保存了绿教的信仰和宗教活动。
西班牙在疯狂对美洲大陆进行殖民掠夺的同时，也派出了一员悍将去征服菲律宾群岛。这员悍将就是米格尔·洛佩斯·黎牙实比，后世菲律宾黎牙实比市就是以他的名字命名。
黎牙实比担任菲律宾总督的成绩，从西班牙角度看可谓居功至伟，在其治下做了以下几件大事：
西属菲律宾以宿务岛为中心建立了数个殖民点；
远征吕宋废黜土王，确立了西班牙在菲律宾群岛大部分区域的管理；
兴建马尼拉城，使其成为跨太平洋贸易的西部枢纽，后成为菲律宾的首都；
