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北京六部里面吏部尚书被称为“天官”，可以掌握四品以下官员的升迁任免，对于更高级官员的任免、调整，天官也有极强的建议权。但是南京六部里面则以南京兵部最强，可以掌握南京地区所有的军队训练和守备军费，也就是说南京兵部尚书在关键时刻可以调动军队支援北京。
不过南京的六部毕竟是陪都的六部，实际上无论干什么都得被北京六部牵制。比如说南京的礼部想要举行祭祀活动就得先请示北京礼部；南京吏部的官员选拔被北京吏部掌握；南京户部的财政虽然自己去收，但收完之后得上交给北京户部……诸如此类。
所以实际上也有不少南京官员感觉很憋屈，毕竟虽然名字差不多，官员地位按理说也一样，但是实际上北京官员是正妻，南京官员只能算妾侍。
申时行的看法是，高务实可能会利用南察掌控南京六部实际管理各项事务的郎中、主事们——与北京六部一样，尚书、侍郎不可能亲自管理到具体细节，细节事务的管理权都在各部各司郎中和主事的手上。
郎中正五品，主事正六品，都在南察的范畴之内。在申时行看来，高务实要直接换掉南京六部的堂上官还是很难的，但如果只是换一些郎中、主事之流，在祭出了海刚峰之后，那就完全可能办到，而这样也能实际掌控南京的行政体系——反正尚书侍郎们在大事上也得听北京的，这么做等于把南京六部架空，上下两不挨。
至于守备会议，南京守备勋臣是高务实捧起来的魏国公徐邦瑞，南京内守备是陈矩的人，仅剩一个南京兵部尚书又是个中立派，高务实不必插手也不会坏他的事。
不过王锡爵的观点和申时行却不同，他认为高务实不会“全面开花”，而一定会有所侧重。这个侧重，王锡爵认为十有八九会是在财政问题上。确切的说，很可能应在南京户部头上。
南京户部也是有一定实权的，它负责征收南直隶以及浙江、江西、湖广诸省的税粮，同时还负责漕运、全国盐引勘合。
特别是盐引堪合这件事，明朝从始至终一直由南京户部负责这一事务，其中只有两年南京户部不负责这个事务：正德三年，刘瑾变法，改由北京户部负责，“南京引板，俱令销毁”；但在正德五年，刘瑾被诛后户部奏请“刷印盐引，仍隶南京户部”，获得批准。此后一直未变。
另外南京户部还管全国黄册的收藏和管理，这些东西存于南京玄武湖。顺便南京户部侍郎也因此经常兼任总理粮储。
