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格鲁派的创始人宗喀巴（1357—1419）是青海湟中县人，7岁出家，16岁时到拉萨学佛。他拜数十位各派高僧为师，学通佛法，后来自己招收弟子，宣传自己的佛教主张。
他得到了帕竹政权的阐化王扎巴坚赞和内邬宗宗本南喀桑布的支持，于永乐七年（1409年）正月在拉萨发起正月祈愿大法会，并在同年兴建甘丹寺，由此建立起格鲁派。
格鲁派宣布在教理上继承了阿底峡和仲敦巴所传的噶当派的教法，因此许多噶当派的寺院转为格鲁派，所以发展很快。宗喀巴在世时，其弟子扎西贝丹建哲蚌寺，释迦也失建色拉寺，与甘丹寺合称为拉萨三大寺，这是格鲁派早期的基础。
宗喀巴去世时，格鲁派还没有采用活佛转世的办法来解决领袖人物的继承问题，是由他弟子贾曹杰、克珠杰等相继继承他的法座，称为甘丹赤巴。
此后不久，新兴的格鲁派就受到仁蚌巴家族的限制和打击，处于低潮。这期间有宗喀巴晚年时的一个弟子根敦珠巴在日喀则新建扎什伦布寺，成为格鲁派在后藏地区的中心。
根敦珠巴去世时扎什伦布寺的法台仍是由其弟子继承，但是同时有一些人认为在达那地方出生的根敦嘉措是根敦珠巴的转世，并把根敦嘉措迎请到扎什伦布寺居住。
由于当时格鲁派中还没有实行活佛转世的制度，所以根敦嘉措的地位一直难以确定。后来根敦嘉措受到扎什伦布寺法台意希孜莫的排斥，离开扎什伦布寺到哲蚌寺学佛。
根敦嘉措在前藏各地活动，逐渐有了名望，他又在山南兴建了曲科杰寺。正德七年，意希孜莫请他返回扎什伦布寺，让他担任扎什伦布寺的法台，这可以说是格鲁派中活佛转世对师徒相传取得了优势。
这时，仁蚌巴下令禁止格鲁派僧人参加拉萨正月的祈愿大法会，哲蚌寺僧众请求根敦嘉措返回。正德十二年，根敦嘉措出任哲蚌寺法台，正德十三年，由他主持拉萨正月祈愿大法会，争回了格鲁派僧人参加祈愿大法会的权力。到了嘉靖四年，他又兼任色拉寺法台。
从此，根敦嘉措的历辈转世都要担任哲蚌寺和色拉寺的法台，这就使他的转世系统的影响和实际地位超过了甘丹赤巴，成为格鲁派的实际的领袖。内邬宗宗本还把哲蚌寺的别墅送给他，改名为甘丹颇章。
