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后世关于大宁都司内迁的原因，学界观点不一。在明代有些史籍中认为是兀良哈的泰宁、朵颜、福余三卫在靖难兵变中，追随燕王朱棣作战有功，明成祖朱棣以大宁都司诸卫之地与之，此说见于《抚安东夷记》、《吾学编》、《三卫考》、《四夷考》、《明史》、《读史方舆纪要》等书记载。
其中，《明史纪事本末》指出，自朱棣为了解除后顾之忧，奔袭宁藩，威胁宁王附归，“尽拔降骑还北平”；《明史》则说，朱棣当时直趋大宁，劫走宁王及其家属，收其精锐，尤以朵颜三卫最为骁勇善战。朱棣登基后弃守大宁，实为酬庸兀良哈三卫助己夺位。
在后世的明史研究中，也有类似说法，如《蒙古族通史》就认为朱棣在发动靖难之役前，借助兀良哈三卫蒙古人的支持，挫败了镇守大宁卫的宁王朱权。后来他又向兀良哈三卫借用三千名精兵，作为其靖难军的骨干。
因此，在朱棣即皇帝位后，为了酬谢从战有功的兀良哈三卫蒙古人，决定把大宁卫割让给他们。同时，他还封三卫领主以都督、指挥、千户和百户等职；决定在开原、广宁两地开设互市，使兀良哈三卫蒙古人和大明进行互市。
然而这一观点也遭到很多学者的质疑，他们认为朱棣当时是为了保证北平的安全，并着重巩固保定的防守力量，所以才将北平行都司内徙至保定。
更有观点进一步认为，在建文帝时期，由于朱棣发动靖难之役，无暇东北边务，且重心在用兵南方，所以尽抽大宁兵力，使得大宁都司下辖诸卫战力大损，原本驻所的人员、补给严重不足，难再担负守边的责任，导致兀良哈三卫趁着明政府困于内乱的机会，开始逐渐向南进展，几乎恢复了独立的姿态。
这一观点说明，当时兀良哈三卫已经在大宁附近进行活动了。不过，根据《明史》卷四十中的记载，景泰年间，三卫曾乞居大宁废城。
但大明的反应是什么呢？
“不许，令去塞二百里外居住”。也就是说，兀良哈三卫在大宁一带的活动是非法的，明廷不允许三卫的蒙古人南迁到大宁地区驻牧，仍然要他们回到潢水以北地区。
