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改制后最大的改变是薪酬的改革，收入支出各方面进行了细化。
收入和职工所得为依据，在编职工，基本工资不受影响，无编制员工中，无执业医师证按60%执行，有执业助理证的按65%执行
效益工资按各科收入减支出的余额，确定各科室提取比例。
对于收入减支出后无余额的科室，医院只发放基本工资。
各科根据收入，具体提取比例不同，所有科室提取比例均为试行，医院可随时根据科室收入预以调整。
所有科主任的操心费每月提升至两千元，诊疗组长也调整到五百元，凸显了中层管理人员的重要性。
为提高急诊科人员主观能动性、多拉快跑，提高病人救治率，急诊科人员基本工资按医院标准执行，效益工资部分由两部分组成∶科室收入提取比例为3.6%。每接回一个病人（死亡除外）按200元补贴给科室。急诊科不得私自截留住院病人，发现一例该转未转的病人，扣科室效益工资总额的5%作为处罚。
普通行管后勤人员享受全院医技科室平均奖的85%。
各科转送ICU的病人，其收入的30%划入该科收入。
